Le origini del complesso ecclesiastico di Sant’Antonio Abate risalgono alla prima metà del ‘300, quando gli Antoniani, ordine monastico ospedaliero francese dell’XI secolo, vengono chiamati a Milano a reggere l’ospedale fondato nell’area della chiesa attuale e destinato alla cura del “fuoco di Sant’Antonio”.
Nel 1438, viene costruita la prima chiesa, della quale rimangono la torre campanaria e, forse, alcune parti dell’altare maggiore marmoreo della mensa.
Sotto Filippo Maria Visconti, i monaci, abbandonata l’attività ospedaliera, si dedicano agli incarichi diplomatici.
Con la fondazione, lì vicino, dell’Ospedale Maggiore, l’Ospedale di Sant’Antonio viene soppresso. I Trivulzio, nel corso del ‘500, commissionano i due chiostri di impronta bramantesca e gli affreschi con le storie dell’Antico Testamento (oggi al Castello Sforzesco).
Nel 1577, i Chierici Regolari Teatini entrano in possesso della chiesa e del convento.
Nel 1584, l’architetto Dionigi Campazzo porta a termine la ricostruzione del complesso, inglobando la chiesa antica e ampliandola, fino ad occupare la piazza antistante. L’edificio assume così la sua struttura definitiva, mentre, nel ‘600, vengono realizzati gli interventi riguardanti la decorazione dell’interno.
La consacrazione solenne è officiata nel 1654 da Alessandro Porro, vescovo di Bobbio.
Con la soppressione napoleonica del 1798, la chiesa è dapprima chiusa al culto e trasformata in magazzino militare, mentre il convento diviene sede della Guardia Nazionale, fino all’arrivo degli austriaci, che insediano il Tribunale Militare e gli uffici di polizia.
Riaperta la chiesa come sussidiaria di San Nazzaro, vengono eseguiti lavori di ripristino, sebbene il primo restauro generale della chiesa e del convento si ha nel 1903, sotto la direzione di Luca Beltrami e Cesare Nava.
Nel 1930, per interessamento del cardinale Schuster, il complesso passa in proprietà della Curia Arcivescovile per adibirvi la sede dell’Azione Cattolica.
Attiguo alla chiesa, con essa comunicante, vi è l’Oratorio dell’Immacolata, eretto fra il 1683 e il 1686 per la Confraternita dell’Immacolata; profanato nel 1798, l’Oratorio è oggi restituito al culto.
Dei primitivi edifici che formavano l’Ospedale nel 1127 non è conservato nulla.
Il campanile rivestito in cotto, secondo l’uso del tempo, è stato salvato dal restauro rispettoso delle sue caratteristiche. L’insegna degli Antoniani, il tau, brilla sul cono, mentre, sotto la cornice, si ripete alternata agli stemmi dei Visconti.
Nel secondo chiostro regalato al complesso dalla munificenza dei Trivulzio, è conservata una ricca decorazione animata da grifoni alati e da teste di putti.
La chiesa presenta un’unica navata voltata a botte e fiancheggiata da tre cappelle per lato, un breve transetto ed un vasto coro.
La fastosa decorazione ad affresco della controfacciata, della volta della navata e della tazza del transetto con le storie della Croce, viene eseguita nel 1631/32 dai fratelli Giovanni e Giovanni Battista Carloni e offre uno dei primi esempi milanesi di decorazione barocca.
Iniziando l’itinerario della chiesa dal lato destro, si trova, nella prima cappella, una Madonna con Bambino ed Angeli di Camillo Procaccini; nella seconda una pala d’altare di Francesco Cairo con lo Svenimento del Beato Avellino; nella terza, quella dell’Immacolata, una Madonna con Bambino e i Santi Paolo, Barbara e Giovannino di Bernardino Campi e una Natività della Vergine di Ambrogio Figino.
Nel transetto destro, vi è la Cappella dell’Ascensione, sul cui altare si trova la pala del Malosso, alle pareti la Resurrezione del Cerano e tele del Fiorentino, l’Adorazione dei Pastori del Carracci e l’Adorazione dei Magi del Morazzone.
Nel transetto sinistro, vi è la Cappella delle Reliquie, con la reliquia della Santa Croce avuta dai Teatini a Roma e la pala d’altare con l’Andata al Calvario, copia settecentesca da Palma il Giovane.
Dal lato sinistro della chiesa, la prima cappella, quella dell’Annunciata, è ornata dai capolavori di Giulio Cesare Procaccini, l’Annunciazione, la Visitazione, la Fuga in Egitto alle pareti, l’Eterno in Gloria sulla volta; la seconda, quella di San Gaetano, contiene all’altare la pala del Cerano dedicata all’Estasi del Beato Gaetano, nonché un ricco complesso di sculture, rilievi e marmi sulla vita del santo e gli aspetti salienti della sua personalità religiosa, opera di Giuseppe Rusnati.