Nel 900 d.C., in Affori, esisteva la chiesetta di San Mamete, un ragazzo martire dei primi secoli del Cristianesimo.
Col passare del tempo, questa chiesa non fu più la parrocchiale e nacque Santa Giustina, dedicata a una giovane padovana, martire di Diocleziano nel 304 d. C.
La prima chiesa di Santa Giustina fu costruita nel 1500, con le testimonianze delle visite pastorali di Carlo e Federico Borromeo. Ma, per fronteggiare le necessità della crescente popolazione, nella seconda metà dell’800 fu costruita la nuova chiesa di Santa Giustina.
L’elemento ivi caratterizzante è il dipinto ad olio raffigurante la Vergine delle Rocce, di quasi certa attribuzione a Leonardo da Vinci. Al mondo, ne esistono tre: oltre a quella posta su un altare del tempio di Affori, giunta per donazione, ve n’è una al Museo del Louvre di Parigi ed una alla National Gallery di Londra.
L’apparato decorativo del presbiterio risale ai primi anni del 900, ma i bombardamenti della seconda guerra mondiale alle parti dell’abside e della cupola costrinsero un nuovo intervento di affrescamento, a cura del Cocquio.

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