Con l’avvento del Cristianesimo e l’organizzazione del territorio, Niguarda divenne parte della pieve di Bruzzano, così come Affori, Bresso, Brusuglio, Cassinis Moassattii (Mojazza presso Santa Maria alla Fontana), Cormano, Dergano, Precotto, Pratocentenaro, Pubiga (attualmente non localizzabile), Segnano, Greco, estendendosi agli attuali territori di Turro, Precotto, Crescenzago, Cimiano.
Nel primo medioevo, è testimoniata a Niguarda la presenza di una chiesa dedicata a San Germano, mentre la chiesa di San Martino è menzionata per la prima volta nel XIII secolo.
Nel XIV secolo, tale chiesa divenne una rettoria, con un prete che vi officiava stabilmente le funzioni.
Nel 1567, in esecuzione dei Decreti conciliari, le rettorie vennero innalzate a chiese parrocchiali; così, Niguarda raggiunse l’autonomia dalla pieve di Bruzzano, di cui, però, faceva ancora parte.
Nel 1618, Pratocentenaro, con la chiesa di San Dionigi, divenne parrocchia, staccandosi da quella di Niguarda.
A partire dal XVI secolo, si ebbe notizia di varie confraternite, che avevano lo scopo di promuovere la devozione popolare e contribuire alle spese della parrocchia.
Tali confraternite avevano numerosi aderenti e perdurarono fino al 1783, quando furono sciolte dagli austriaci.
Erano presenti a Niguarda: la Scuola del Santissimo Sacramento, la Scuola della Beata Vergine Maria, la Scuola della Dottrina Cristiana, la Società del Santissimo Rosario, la Confraternita della Santa Croce.
La chiesa venne ingrandita (allungata e aggiunta la navata di destra) una prima volta nel 1837.
Un ulteriore allargamento si ebbe nel 1887.
Nel 1926, si ebbe la costruzione del campanile.
Il toponimo, probabilmente di origine germanica, indicherebbe un posto di guardia.
La località venne interessata dalla presenza della strada romana della Vallassina che la attraversava.
Ricostruita nel 1630, e di nuovo verso la metà dell’Ottocento, venne ampliata, con l’aggiunta delle navate laterali nel 1886 e consacrata dal Cardinal Ferrari il 24 settembre 1899.
Niguarda, antico comune autonomo, venne unito alla città di Milano insieme ad altri undici comuni nel 1923. In seguito a tale provvedimento, la parrocchia ebbe titolo e dignità di prepositurale e fu aggregata alle parrocchie cittadine del settore di Porta Nuova.