Per venire incontro alle necessità spirituali della popolazione del Ticinese, nel 1902, veniva edificata, tra gli orti della zona, una piccola chiesetta di legno e, l’8 settembre di quel’anno, veniva portato il simulacro della Vergine di Caravaggio.
Cominciò col tempo a maturare l’idea di una costruzione in muratura, nonostante le difficoltà finanziarie del tempo. Ma un avvenimento imprevisto mutò la situazione di ristagno: il 20 luglio 1909, un fulmine colpì l’angolo frontale sinistro dell’edificio in costruzione, raggiungendo la vecchia chiesetta e scatenando un violento incendio.
Si salvarono solo il tabernacolo, un quadro in bronzo, le statue della Beata Vergine e di Giannetta. Interpretando l’evento come una sollecitazione divina, ripresero i lavori e, il 30 ottobre dello stesso anno, venne benedetto il nuovo edificio.
Il 14 Agosto 1943, una bomba alleata distrusse l’abside con l’affresco del Cisterna, rappresentante l’incoronazione e la gloria di Maria, nonché il transetto, cioè la parte più artistica del santuario.
La chiesa è in stile lombardo-romanico, a croce romana, divisa in tre navate; le laterali, chiuse da volte in cotto, la principale, coperta da un soffitto in legno dipinto con travi a vista decorate.
Al culmine della navata centrale, s’innalza l’altare maggiore sopraelevato, cui si accede grazie a due scalinate: in mezzo ad esse, quella che porta alla sottostante cripta, dedicata alla Beata Vergine di Caravaggio.
Del primitivo presbiterio, resta la mensa, con l’artistico tabernacolo.
Tutta questa parte della chiesa è posta sotto una cupola ottagonale, dove è visibile un tondo raffigurante una Madonna Nera.
L’abside è affrescata con scene che rappresentano l’incoronazione della Vergine, tra i cori degli angeli.
Sulla sinistra, vi è una statua di Sant’Antonio da Padova; segue il Battistero, con un affresco di Gesù che riceve il battesimo nel Giordano.
Sulla destra, dopo un Crocifisso restaurato dalla Scuola del Beato Angelico, vi è l’altare di Santa Rita e San Francesco.
Ai lati dell’altare maggiore, si aprono due cappelle più grandi: a sinistra, la Cappella del Sacro Cuore, a destra, la cappella di San Giuseppe.
Percorrendo il transetto, si può ammirare il grande organo posto sopra quella che un tempo era la penitenzieria maschile.
La cripta, sotto l’altare maggiore, racchiude la statua della Madonna di Caravaggio e della veggente, la beata Giannetta.
Creando la sopraelevazione e abolendo le scale laterali, con la scalinata di discesa alla cripta, si realizzò un gioco di volte e campate; le scalee di entrata ed uscita furono ricoperte con granito rosa di Baveno, bianco di Montorfano, rosso di Svezia.
Ai lati d’ingresso alla cripta, due angeli ricordano che, attraverso maria, si arriva a Gesù, presentando una corona d’ulivo con le scritte Ad Jesum e Per Mariam.
Al centro della cripta, è racchiuso lo stemma della parrocchia, con una scritta che inneggia a colei che è “eletta al par del sole, terribile come un esercito schierato in campo, bella come la luna”.
Ma lo sguardo è subito attratto dalle statue della madonna e di Giannetta.
Lungo l’ambulacro che circonda il simulacro, sulle pareti, sono rappresentate figure bibliche attinenti alla storia di Maria : Elisabetta con Zaccaria, San Giovanni Battista, Sant’Anna e Gioacchino, San Giuseppe. Verso il fondo, piccoli bimbi sorreggono cerchi fiammanti, all’interno dei quali sono riportate le date di proclamazione dei dogmi riguardanti la Beata Vergine.